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ubuntu配置R语言环境
  1. ubuntu进不去root,貌似是每次开机时默认root密码都会产生一个新的。

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  使用sudo passwrd重置root密码

2. apt-get install r-base

3. apt-get  install  r-base-dev

4. 安装成功。

ubuntu 配置R语言环境

5. 安装Rstudio

ubuntu 配置R语言环境

下载安装包安装

下载 R-3.2.2.tar.gz

解压:

  1. tar 

    -zvxf 

    R-2.13.0.tar.gz 

     

配置:

  1. cd 

    R-2.13.0 

     

  2. ./configure 

    --prefix=/home/xxx/R 

    --enable-R-shlib 

     

     

prefix设置R的安装路径,enable-R-shlib可以保证lib目录下的动态库能够共享

如果提示G77错误

  1. sudo 

    apt-get 

    install 

    build-essential 

     

  2. sudo 

    apt-get 

    install 

    gfortran 

     

如果提示错误:configure:error:--with-readline=yes(default)...

  1. sudo 

    apt-get 

    install 

    libreadline6-dev 

     

如果提示错误:configure:error:--with-x=yes(default) and X11...

  1. sudo 

    apt-get 

    install 

    libxt-dev 

     

安装:

  1. make 

     

  2. make 

    install 

     

link到bin目录下:

  1. cd 

    /bin 

     

  2. sudo 

    ln 

    -sv 

    /home/xxx/R/bin/R 

     

至此安装完毕。

------------------------------------------------------

安装pkg:

终端下输入:R

  1. source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") 

     

  2. biocLite() 

     

默认将安装一下几个包

affy affydata affyPLM

annaffy annotate Biobase

Biostrings DynDoc gcrma

genefilter geneplotter hgu95av2

limma marray matchprobes

multtest ROC vsn

xtable affyQCReport

如果需要Bioconductor上别的包的话,可以使用

biocLite(c("pkg1", "pkg2"))

如:

  1. biocLite(c("copula", 

    "pspline")) 

     

安装CRAN上的包

  1. install.packages(c("pkg1", 

    "pkg2")) 

     

来安装(pkg1和pkg2为需要安装的包)。
------------------------------------------------------

编辑器:

1.直接shell。终端输入R,就进入R命令行了。

2.安装GUI:Rcmdr

  1. sudo 

    apt-get 

    install 

    r-cran-rodbc 

     

  2. sudo 

    apt-get 

    install 

    r-cran-rcmdr 

     

运行R后,library(Rcmdr)就可以打开图形界面。


当前题目:ubuntu配置R语言环境
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